自从越中守护代神保长职在越中滑川一带被扇谷上杉、府中长尾两家联合军击败后兵败身死之后，越中守护代家的神保氏就此衰灭。但是，神保长职却留下了一个儿子，即神保长国（神保长职三男）。神保长国自从在神保长职败亡后便在数名神保家旧臣们的守护下逃至北信浓得到了武田家的庇护后，之后便一直在甲府雌伏着，等待着神保家能够再兴的机会。
为了能够将谦信牵制在北陆道无力出兵南下，武田信玄只好将神保长国、寺岛职定（原越中池田城城主）、山田修理、饭田利忠（原越中井田城城主）、入善弥太郎、松原出羽守、竹木石见守、田原新吾、稻川半太等神保氏、椎名氏等大名、国人领主们的残党派往东越中去招揽神保家旧臣、当地地头武士以及浪人等，并且尽可能的去煽动能登的国人领主、地头武士们再次发动国人一揆，好让加贺先方众顺利攻入加贺国牵制柿崎景家。
如今，在神保氏一门亲族众之中仅剩下分家庶流的神保长赖（神保庆宗之弟神保总诚之子）、神保长重（神保庆宗之弟神保长茂之子）、神保茂政（神保长重之子）、神保出羽守（神保家一门，神保氏兴被杀后便逃至立山躲藏）、神保氏长（神保氏张次子）、神保长利（神保氏张三男）等人还在越中国内过着隐姓埋名的生活。自从神保氏衰灭之后，他们便不敢再抛头露面，只能迅速躲入深山老林之中保全性命和保留神保氏的血脉。
就连原池田城城主寺岛职定在神保长职兵败身死后便带着家眷逃往武田家领内，此次他也被武田信玄派往东越中去担任神保长国的后见役。
然而，武田信玄这些举动被谦信麾下的轩辕众探知，他们迅速将此事告知谦信，使得上杉家及时在东越中与北信浓之间的国境上有了防备。
为了不让神保长国和寺岛职定等神保氏残党人顺利进入东越中策应国人一揆，谦信迅速令上野九兵卫（谦信重臣上野家成同族）、上野彦次郎、上田石见守、松原五郎兵卫直原、小野大学助（原寺崎家家臣）等在北飞弹驻守的越中地头武士们返回东越中与神保孝续（越中神保家庶流）防备神保家旧臣们发动一揆。而北飞弹则是由城景茂（玉虫贞茂之子）负责守备。
为了避免能登一国再次遭到越中国人一揆的波及，也顺便能使得能登国人领主、地头武士们不会轻易被武田家调略寝反，谦信就让之前畠山义春（畠山义续之子、畠山义纲之弟、上条政繁养子）迎娶已故长尾政景长女华姬后继承匠作畠山家家名，并且担任能登守护代一职让其入驻城，领有石知行地。
神保孝续先前就主动倒向上杉家并且将加贺一向一揆所扶持继任神保家家督的神保氏兴（神保氏则，神保氏张长子）讨取。由于之前他并未将神保氏兴的首级主动交给朝定或是谦信，故而并未得到领地的赏赐。此次，他得知神保长国即将返回越中的消息后立即来了精神，只要将神保长国讨取，那么越中神保氏的滴流将会彻底断绝，他将会得到谦信和朝定二人的大量赏赐。
与此同时，南部晴政退兵返回其领后，毛利景广也迅速稳定了高水寺斯波领，将倒向南部家的数名原高水寺斯波家重臣们先后讨死。随后，毛利景广、斋藤俊氏、押切备前守、寒河江光俊、寒河江广俊等将便率军退回了中陆奥进行修整。
随着原奥州探题家高水寺斯波家的臣从，南部家的南下扩张版图的战略得到了极大的遏制，南部家虽然雄踞北陆奥，但是其内部却并不是铁板一块。朝定的打算是暗中拉拢九户家，使其牵制南部家，必要时给予九户家大名的身份。
战国时期的北陆奥，基本可以说是以南部氏及其一门亲族、庶流分家等为代表的你来我往的纷争。除了南部氏以外，其他都是一些无法过于左右局势的小势力，通过合纵连横和联姻等方式力争在乱世中存活。直至津轻为信的出现，使得北奥的战国时代末期又出现了一抹精彩。
说起战国时代陆奥国北部的情势，可以说是以糠部郡及支配该郡的有力大名南部氏为核心的。在《奥州余目记录》中被称作“大郡”的糠部郡乃是当时日本律令制分国中面积最大的郡，郡内又分成一户、二户至九户和东门、西门、南门、北门等若干地区，有些地区甚至与别的分国一个郡的大小相差不大。
十五世纪的室町时代，被称为“奥州糠部南部一族”的以“户”为独立所领的一户、三户、四户、七户、八户、九户诸家（为了不致混乱，下文根据上下文语境或称某户，或称南部，众所熟知的南部晴政便出自于三户氏。南部氏的家祖南部光行有六子，长子行朝为妾腹子，为一户氏家祖；次子实光继承了宗家；三子波木井实朝为根知城八户南部氏的家祖；四子朝清为七户氏和久慈氏的家祖；五子宗朝为四户氏和栉引氏的家祖；六子行连为九户氏、小轻米氏和江刺氏的家祖），他们均以“南部”为苗字，形成了广大的族缘关系网，并通过这种关系共同支配糠部郡。其中被称为“南部殿”的三户氏，逐渐获得了南部氏一族的总领地位。
十五世纪后期，三户氏开始向糠部郡的周边扩张势力。西侧的津轻地区包括平贺、鼻和、田舍、山边四郡及外浜、西浜地区（中世未纳入分郡的津轻半岛北部和西部地区），本由下国安藤氏所支配（安藤氏即俗称的安东氏，安东氏的称呼为室町时代中后期开始出现）。永享四年，三户氏攻击安藤氏，安藤氏败退至虾夷，三户氏逐渐控制了津轻地区；长禄元年，八户氏击败了安藤氏家臣蛎崎藏人，占领了安藤氏在此地区的最后一块领地宇曾利乡；文明十五年，三户氏当主南部信时命弟弟行实为津轻郡代，在津轻外浜东部的堤浦构筑据点，成立堤家；明应七年，南部信时又命子康时出继堤家。在南部信时的殁年文龟二年，堤（南部）康时的庶子经行以津轻地区中心地区的大光寺城为据点，成立大光寺家，支配平贺郡。
在此前的延德三年，南部信时还命一族久慈氏的庶流久慈光信入大浦城，成立大浦家，支配鼻和郡。而在十五世纪后期，南部信时的弟弟信实入继久慈氏的嫡流为养子，三户氏趁机获得了久慈氏的所领。
文龟年间，津轻地区的浪冈城主浪冈北畠氏半从属于三户氏，掌握着对田舍郡、奥法郡和外浜北部的支配权。浪冈北畠氏为南北朝时期镇守府将军·陆奥守北畠显家的后裔，被尊称为“浪冈御所”。浪冈北畠氏以三户氏为后盾，取代了下国安藤氏成为支配津轻地区的正统权威，同时对于北方的虾夷也保有着相当的影响力。
三户氏的南部信时在津轻地区所部署的支配体制主要是通过庶子及一族之子世袭“郡代”，这也是十五世纪末期至十六世纪初期南部氏对于津轻地区的支配体制，也可看作北陆奥战国时代的开端。
除了糠部郡以外，与其相邻的鹿角、岩手、闭伊也是三个大郡，但并没有出现有实力能够支配全郡的势力，基本由一些地头出身的小领主割据。鹿角郡主要由南部一族一户氏的庶流·长牛城主长牛氏及大汤氏、大里氏等被称为“鹿角众”的在地势力所掌握，由虾夷返回出羽的下国安藤氏也对此地有所渗透；岩手郡主要由郡南端不来方城的三户氏家臣福士氏、郡西的川村氏和安倍氏、郡东的工藤氏等“岩手众”分治，而邻郡斯波郡出自于奥州探题大崎氏的名家斯波氏也占据着一部分地盘；闭伊郡则由文龟元年被南部信时派往此地的一户氏庶流所支配，因以郡中央的千德城为据点，故称千德氏。此外还分布着田锁氏、小本氏、船越氏等被统称为“闭伊众”的在地势力。可见糠部郡的三户氏对于邻接三郡的控制主要是以一户氏等庶流及谱代家臣世袭城将，并将小规模的在地领主编成为“众”这种方式来实现的。在岩手郡南部，又有斯波、稗贯、和贺和远野四郡，而且这几郡的支配者大部分是从镰仓时代以来的地头发展而来。前面已经提到，斯波郡由奥州探题大崎氏的同族·被尊称为“斯波御所”的斯波氏支配；稗贯郡和和贺郡则由分别以本郡名字为苗字的稗贯氏和和贺氏支配，二者皆出自于中条氏；远野郡由出自于藤原秀乡流的阿曾沼氏支配。
这些以南部氏为代表的北奥诸领主们称自领为“当郡”，对方的领地称“贵郡”、“御郡”或“他郡”。而领内分支领的支配者称“郡主”，相当于保持一定独立性的小领主。其中斯波、稗贯、和贺、远野四郡的郡主们在十六世纪前期通过联姻的方式结成了一揆性质的领主联合，稗贯氏还获得了室町幕府足利义稙、义晴、义辉三任将军的偏讳；斯波氏作为奥州探题大崎氏的一族，协助强化了室町幕府——奥州探题大崎氏这一室町时代的支配秩序。
在南部信时之后，因三户氏的当主·南部信时的嫡子信义早夭，年幼的南部政康继承了当主之位，而在北门地区田子城隐居的南部信时则再度出山成了嫡孙政康的后见人，助其维持领国的安定。文龟三年，南部信时殁；永正四年，南部政康也去世，其长子南部安信继承三户氏的当主之位。大永五年，包括糠部郡在内的三户氏所有领地被称为“奥州南部殿御知行”，进一步强化了三户氏作为南部一族总领家的主导地位。
但进入到天文年间，在南部信时时期所建立的通过城代及“众”进行领地支配的体制日趋动摇。天文八年六月，三户氏的居城圣寿寺馆被对主君怀有怨恨的家臣赤沼备中纵火烧毁（据《祐清私记》所载，赤沼备中对主君南部晴政将其妻女带入城中一事不满，同时因知行问题与家老奥濑安芸守有矛盾，所以赤沼备中纵火焚城并杀死奥濑安芸守，后在逃亡过程中被下斗米将家所追斩），造成了三户氏家中的不安定；次月，南部安信的嫡子南部安政随奥州探题大崎义直所派出的使者团上洛，获赐将军足利义晴的偏讳，改名南部晴政，以期通过将军的权威来安定家中。
在三户氏的支配不大安稳的这段时期，辅佐南部安信稳定局面的是以田子城为本城因此被称为田子家的安信之弟高信。天文二年在平定了津轻地方后，高信又以平贺郡的石川城为居城，就任津轻郡代。天文三年，闭伊郡爆发叛乱，被久慈信义和三户氏的谱代家臣樱庭光康所讨平。在天文十年闭伊郡黑森神社的营造栋札中（记录建筑物修建信息及过程的记事牌称栋札）记载大檀那（为寺院或神社等提供布施或帮助其营造之人）为“南部右马允安信”和“同左卫门督高信”，而旦那（性质基本同檀那）田锁氏和小笠原氏等闭伊众则为其从属。
斯波郡斯波御所的斯波诠高在十五世纪末期将庶子诠员和诠义分别配置于岩手郡西部的“雫石御所”的斯波郡北部的“猪去御所”，觊觎着岩手郡。为了应对斯波氏的策谋，石川高信（即田子高信，此时尚以田子城为居城，称田子高信）在天文初年将家臣福士氏配置于与斯波领交界处的岩手郡不来方城，并迎娶了岩手郡北部国众一方井安政之女为侧室。天文九年，石川高信先击败在岩手郡西部滴石地区保有部分地盘的户泽氏，将其赶至邻国出羽的仙北地区，后又与斯波诠高之子·斯波氏时任当主经诠之间产生了摩擦；天文十二年，石川高信与斯波经诠之子诠真交战并占据优势，最终在稗贯辉家的调解下两家达成和睦，南部氏逐渐恢复了对于岩手郡的支配。此外，在天文十一年至十二年间，南部军还进至出羽的下国安藤氏的领地，与其交战。
在对外扩张的同时，南部晴政也从南部安信那里继承了三户南部氏的当主之位，且因一直以来的本城圣寿寺馆在天文八年烧毁，晴政便将本城迁至了三户城。
十五世纪末期，三户氏的家臣大致分为“亲类”、“家子”、“老中”、“御内众”、“外样众”等；分家八户氏的家臣在天文年间则有“一家”、“亲类”、“御内五人老”、“小御内”、“外样”、“中间等”；另一分家九户氏的家臣也有“亲类”、“内众”等等。他们通过大致相同的编成手段，形成了各自的家臣团。
天文年间前期，南部安信分别将弟弟信房和信次配置于田子城西侧的石龟城和鹿角郡的毛马内城，并以此为苗字成立了石龟家和毛马内家，与田子家一起执行出击和警戒出羽安藤领的任务。另将一弟长义配置于奥州街道的要冲五户浅水城，成立南家，以此作为三户城北方的屏障。再加上出自于三户氏的庶家北家和东家等，三户氏通过创建有力的庶子家，构成了其家臣的主体，并以此作为与周边的斯波氏、安藤氏等势力对抗或平定领内动乱的骨干力量，这也是三户氏由一介国众向战国大名转化的契机。但任何事物都具有两面性，如弘治二年，南家与另一“亲类”北家间因斗贺村而起了纠纷。可见在建立有力庶子家的同时，如何解决家内纷争并更好地统御诸庶子家，又成了一个让人困扰的课题。
另外，在糠部郡内以“户”为地域单位的这些领主们以“户”作为其独立所领，拥有自己的家臣，再加上糠部郡面积较大，这些“户”的领主们的势力甚至可与其他分国拥有一郡的在地领主比肩。这些“户”的领主们所构成的“族缘”集团称作“一家”，虽然推举三户氏为他们的“家督”，但三户氏却不能把他们直接视作家臣，只不过是领主们依靠某种契约的集结在一起的结合体。
十六世纪前期的天文年间，南部氏的有力庶家北家、东家和南家及石川高信·信直父子、九户政实等逐渐取代一户氏和久慈氏成为进攻鹿角郡和岩手郡的主力。石川高信率领麾下的岩手众屡次入侵两郡，而且高信的嫡子南部信直（即南部氏第二十六代当主，石川高信的嫡子。此时尚称田子信直）于永禄八年与南部晴政的长女结婚，因晴政当时尚无儿子，所以指认信直为三户氏的继承人，并作为南部晴政的阵代出兵鹿角郡；而九户氏也在十五世纪末期，时任当主九户光政将居城迁至九户城，并通过将女儿嫁给久慈氏的结姻方式，将其纳为从属。
在田子氏（即石川氏）和九户氏的势力上升期，一户氏、久慈氏反而日趋没落。另外，根知城主八户氏在天文年间前期的三代当主治义、义继、胜义先后去世，且因胜义无子，便从一族新田氏入继了年仅五岁的彦次郎（幼名久松，即后来的八户政荣）继承当主之位，祖父新田盛政为其后见役，但另一一族田中宗祐为了篡夺当主之位而谋反，后被镇压。天文二十一年，七户庆胤入侵八户领；永禄七年、永禄十年八月、永禄十二年，四户的栉引氏多次入侵八户领，可谓内忧外患，造成了八户氏权力的严重衰退。由于四户氏和七户氏未与三户氏结姻，且无法通过对外战争扩大势力，所以只能在糠部郡内扩张。而从作为诸“户”家督的三户氏当主南部晴政的角度来看，上述纷争只是“一家”内部因领地纷争所引起的私战，自己无法擅自处置，命某方停止交战。永禄十年八月，彦次郎的亲父新田行政殁，次月，彦次郎获赐南部晴政的偏讳，取名八户政荣，可以说是以暂时从属于三户氏为代价换来了本家的存续。
进入永禄年间，北奥的争乱进一步激化。邻国出羽的下国安藤氏当主安藤爱季图谋向糠部郡渗透，并于永禄元年开始通过其从属国众·比内郡领主浅利则祐拉拢南部氏麾下的大汤氏、大里氏等鹿角众，以及津轻平贺郡代大光寺氏和浪冈御所的浪冈北畠氏。在进行了周全的准备后，永禄九年，安藤爱季纠合浅利氏、虾夷的蛎崎氏、出羽的由利众等共计五千人马入侵鹿角郡。三户氏当主南部晴政急忙派遣岩手众及有力庶子家的北家、东家、南家等迎击但败北；次年，在双方均付出不小的代价后，鹿角郡终被安藤氏占领，史称“鹿角大乱”。但是仅仅不到两个月，南部晴政便亲率大军夺回了鹿角郡大部。而安东爱季此次唯一的收获便是夺取了进出鹿角郡的桥头堡——土深井城。
为了能够将谦信牵制在北陆道无力出兵南下，武田信玄只好将神保长国、寺岛职定（原越中池田城城主）、山田修理、饭田利忠（原越中井田城城主）、入善弥太郎、松原出羽守、竹木石见守、田原新吾、稻川半太等神保氏、椎名氏等大名、国人领主们的残党派往东越中去招揽神保家旧臣、当地地头武士以及浪人等，并且尽可能的去煽动能登的国人领主、地头武士们再次发动国人一揆，好让加贺先方众顺利攻入加贺国牵制柿崎景家。
如今，在神保氏一门亲族众之中仅剩下分家庶流的神保长赖（神保庆宗之弟神保总诚之子）、神保长重（神保庆宗之弟神保长茂之子）、神保茂政（神保长重之子）、神保出羽守（神保家一门，神保氏兴被杀后便逃至立山躲藏）、神保氏长（神保氏张次子）、神保长利（神保氏张三男）等人还在越中国内过着隐姓埋名的生活。自从神保氏衰灭之后，他们便不敢再抛头露面，只能迅速躲入深山老林之中保全性命和保留神保氏的血脉。
就连原池田城城主寺岛职定在神保长职兵败身死后便带着家眷逃往武田家领内，此次他也被武田信玄派往东越中去担任神保长国的后见役。
然而，武田信玄这些举动被谦信麾下的轩辕众探知，他们迅速将此事告知谦信，使得上杉家及时在东越中与北信浓之间的国境上有了防备。
为了不让神保长国和寺岛职定等神保氏残党人顺利进入东越中策应国人一揆，谦信迅速令上野九兵卫（谦信重臣上野家成同族）、上野彦次郎、上田石见守、松原五郎兵卫直原、小野大学助（原寺崎家家臣）等在北飞弹驻守的越中地头武士们返回东越中与神保孝续（越中神保家庶流）防备神保家旧臣们发动一揆。而北飞弹则是由城景茂（玉虫贞茂之子）负责守备。
为了避免能登一国再次遭到越中国人一揆的波及，也顺便能使得能登国人领主、地头武士们不会轻易被武田家调略寝反，谦信就让之前畠山义春（畠山义续之子、畠山义纲之弟、上条政繁养子）迎娶已故长尾政景长女华姬后继承匠作畠山家家名，并且担任能登守护代一职让其入驻城，领有石知行地。
神保孝续先前就主动倒向上杉家并且将加贺一向一揆所扶持继任神保家家督的神保氏兴（神保氏则，神保氏张长子）讨取。由于之前他并未将神保氏兴的首级主动交给朝定或是谦信，故而并未得到领地的赏赐。此次，他得知神保长国即将返回越中的消息后立即来了精神，只要将神保长国讨取，那么越中神保氏的滴流将会彻底断绝，他将会得到谦信和朝定二人的大量赏赐。
与此同时，南部晴政退兵返回其领后，毛利景广也迅速稳定了高水寺斯波领，将倒向南部家的数名原高水寺斯波家重臣们先后讨死。随后，毛利景广、斋藤俊氏、押切备前守、寒河江光俊、寒河江广俊等将便率军退回了中陆奥进行修整。
随着原奥州探题家高水寺斯波家的臣从，南部家的南下扩张版图的战略得到了极大的遏制，南部家虽然雄踞北陆奥，但是其内部却并不是铁板一块。朝定的打算是暗中拉拢九户家，使其牵制南部家，必要时给予九户家大名的身份。
战国时期的北陆奥，基本可以说是以南部氏及其一门亲族、庶流分家等为代表的你来我往的纷争。除了南部氏以外，其他都是一些无法过于左右局势的小势力，通过合纵连横和联姻等方式力争在乱世中存活。直至津轻为信的出现，使得北奥的战国时代末期又出现了一抹精彩。
说起战国时代陆奥国北部的情势，可以说是以糠部郡及支配该郡的有力大名南部氏为核心的。在《奥州余目记录》中被称作“大郡”的糠部郡乃是当时日本律令制分国中面积最大的郡，郡内又分成一户、二户至九户和东门、西门、南门、北门等若干地区，有些地区甚至与别的分国一个郡的大小相差不大。
十五世纪的室町时代，被称为“奥州糠部南部一族”的以“户”为独立所领的一户、三户、四户、七户、八户、九户诸家（为了不致混乱，下文根据上下文语境或称某户，或称南部，众所熟知的南部晴政便出自于三户氏。南部氏的家祖南部光行有六子，长子行朝为妾腹子，为一户氏家祖；次子实光继承了宗家；三子波木井实朝为根知城八户南部氏的家祖；四子朝清为七户氏和久慈氏的家祖；五子宗朝为四户氏和栉引氏的家祖；六子行连为九户氏、小轻米氏和江刺氏的家祖），他们均以“南部”为苗字，形成了广大的族缘关系网，并通过这种关系共同支配糠部郡。其中被称为“南部殿”的三户氏，逐渐获得了南部氏一族的总领地位。
十五世纪后期，三户氏开始向糠部郡的周边扩张势力。西侧的津轻地区包括平贺、鼻和、田舍、山边四郡及外浜、西浜地区（中世未纳入分郡的津轻半岛北部和西部地区），本由下国安藤氏所支配（安藤氏即俗称的安东氏，安东氏的称呼为室町时代中后期开始出现）。永享四年，三户氏攻击安藤氏，安藤氏败退至虾夷，三户氏逐渐控制了津轻地区；长禄元年，八户氏击败了安藤氏家臣蛎崎藏人，占领了安藤氏在此地区的最后一块领地宇曾利乡；文明十五年，三户氏当主南部信时命弟弟行实为津轻郡代，在津轻外浜东部的堤浦构筑据点，成立堤家；明应七年，南部信时又命子康时出继堤家。在南部信时的殁年文龟二年，堤（南部）康时的庶子经行以津轻地区中心地区的大光寺城为据点，成立大光寺家，支配平贺郡。
在此前的延德三年，南部信时还命一族久慈氏的庶流久慈光信入大浦城，成立大浦家，支配鼻和郡。而在十五世纪后期，南部信时的弟弟信实入继久慈氏的嫡流为养子，三户氏趁机获得了久慈氏的所领。
文龟年间，津轻地区的浪冈城主浪冈北畠氏半从属于三户氏，掌握着对田舍郡、奥法郡和外浜北部的支配权。浪冈北畠氏为南北朝时期镇守府将军·陆奥守北畠显家的后裔，被尊称为“浪冈御所”。浪冈北畠氏以三户氏为后盾，取代了下国安藤氏成为支配津轻地区的正统权威，同时对于北方的虾夷也保有着相当的影响力。
三户氏的南部信时在津轻地区所部署的支配体制主要是通过庶子及一族之子世袭“郡代”，这也是十五世纪末期至十六世纪初期南部氏对于津轻地区的支配体制，也可看作北陆奥战国时代的开端。
除了糠部郡以外，与其相邻的鹿角、岩手、闭伊也是三个大郡，但并没有出现有实力能够支配全郡的势力，基本由一些地头出身的小领主割据。鹿角郡主要由南部一族一户氏的庶流·长牛城主长牛氏及大汤氏、大里氏等被称为“鹿角众”的在地势力所掌握，由虾夷返回出羽的下国安藤氏也对此地有所渗透；岩手郡主要由郡南端不来方城的三户氏家臣福士氏、郡西的川村氏和安倍氏、郡东的工藤氏等“岩手众”分治，而邻郡斯波郡出自于奥州探题大崎氏的名家斯波氏也占据着一部分地盘；闭伊郡则由文龟元年被南部信时派往此地的一户氏庶流所支配，因以郡中央的千德城为据点，故称千德氏。此外还分布着田锁氏、小本氏、船越氏等被统称为“闭伊众”的在地势力。可见糠部郡的三户氏对于邻接三郡的控制主要是以一户氏等庶流及谱代家臣世袭城将，并将小规模的在地领主编成为“众”这种方式来实现的。在岩手郡南部，又有斯波、稗贯、和贺和远野四郡，而且这几郡的支配者大部分是从镰仓时代以来的地头发展而来。前面已经提到，斯波郡由奥州探题大崎氏的同族·被尊称为“斯波御所”的斯波氏支配；稗贯郡和和贺郡则由分别以本郡名字为苗字的稗贯氏和和贺氏支配，二者皆出自于中条氏；远野郡由出自于藤原秀乡流的阿曾沼氏支配。
这些以南部氏为代表的北奥诸领主们称自领为“当郡”，对方的领地称“贵郡”、“御郡”或“他郡”。而领内分支领的支配者称“郡主”，相当于保持一定独立性的小领主。其中斯波、稗贯、和贺、远野四郡的郡主们在十六世纪前期通过联姻的方式结成了一揆性质的领主联合，稗贯氏还获得了室町幕府足利义稙、义晴、义辉三任将军的偏讳；斯波氏作为奥州探题大崎氏的一族，协助强化了室町幕府——奥州探题大崎氏这一室町时代的支配秩序。
在南部信时之后，因三户氏的当主·南部信时的嫡子信义早夭，年幼的南部政康继承了当主之位，而在北门地区田子城隐居的南部信时则再度出山成了嫡孙政康的后见人，助其维持领国的安定。文龟三年，南部信时殁；永正四年，南部政康也去世，其长子南部安信继承三户氏的当主之位。大永五年，包括糠部郡在内的三户氏所有领地被称为“奥州南部殿御知行”，进一步强化了三户氏作为南部一族总领家的主导地位。
但进入到天文年间，在南部信时时期所建立的通过城代及“众”进行领地支配的体制日趋动摇。天文八年六月，三户氏的居城圣寿寺馆被对主君怀有怨恨的家臣赤沼备中纵火烧毁（据《祐清私记》所载，赤沼备中对主君南部晴政将其妻女带入城中一事不满，同时因知行问题与家老奥濑安芸守有矛盾，所以赤沼备中纵火焚城并杀死奥濑安芸守，后在逃亡过程中被下斗米将家所追斩），造成了三户氏家中的不安定；次月，南部安信的嫡子南部安政随奥州探题大崎义直所派出的使者团上洛，获赐将军足利义晴的偏讳，改名南部晴政，以期通过将军的权威来安定家中。
在三户氏的支配不大安稳的这段时期，辅佐南部安信稳定局面的是以田子城为本城因此被称为田子家的安信之弟高信。天文二年在平定了津轻地方后，高信又以平贺郡的石川城为居城，就任津轻郡代。天文三年，闭伊郡爆发叛乱，被久慈信义和三户氏的谱代家臣樱庭光康所讨平。在天文十年闭伊郡黑森神社的营造栋札中（记录建筑物修建信息及过程的记事牌称栋札）记载大檀那（为寺院或神社等提供布施或帮助其营造之人）为“南部右马允安信”和“同左卫门督高信”，而旦那（性质基本同檀那）田锁氏和小笠原氏等闭伊众则为其从属。
斯波郡斯波御所的斯波诠高在十五世纪末期将庶子诠员和诠义分别配置于岩手郡西部的“雫石御所”的斯波郡北部的“猪去御所”，觊觎着岩手郡。为了应对斯波氏的策谋，石川高信（即田子高信，此时尚以田子城为居城，称田子高信）在天文初年将家臣福士氏配置于与斯波领交界处的岩手郡不来方城，并迎娶了岩手郡北部国众一方井安政之女为侧室。天文九年，石川高信先击败在岩手郡西部滴石地区保有部分地盘的户泽氏，将其赶至邻国出羽的仙北地区，后又与斯波诠高之子·斯波氏时任当主经诠之间产生了摩擦；天文十二年，石川高信与斯波经诠之子诠真交战并占据优势，最终在稗贯辉家的调解下两家达成和睦，南部氏逐渐恢复了对于岩手郡的支配。此外，在天文十一年至十二年间，南部军还进至出羽的下国安藤氏的领地，与其交战。
在对外扩张的同时，南部晴政也从南部安信那里继承了三户南部氏的当主之位，且因一直以来的本城圣寿寺馆在天文八年烧毁，晴政便将本城迁至了三户城。
十五世纪末期，三户氏的家臣大致分为“亲类”、“家子”、“老中”、“御内众”、“外样众”等；分家八户氏的家臣在天文年间则有“一家”、“亲类”、“御内五人老”、“小御内”、“外样”、“中间等”；另一分家九户氏的家臣也有“亲类”、“内众”等等。他们通过大致相同的编成手段，形成了各自的家臣团。
天文年间前期，南部安信分别将弟弟信房和信次配置于田子城西侧的石龟城和鹿角郡的毛马内城，并以此为苗字成立了石龟家和毛马内家，与田子家一起执行出击和警戒出羽安藤领的任务。另将一弟长义配置于奥州街道的要冲五户浅水城，成立南家，以此作为三户城北方的屏障。再加上出自于三户氏的庶家北家和东家等，三户氏通过创建有力的庶子家，构成了其家臣的主体，并以此作为与周边的斯波氏、安藤氏等势力对抗或平定领内动乱的骨干力量，这也是三户氏由一介国众向战国大名转化的契机。但任何事物都具有两面性，如弘治二年，南家与另一“亲类”北家间因斗贺村而起了纠纷。可见在建立有力庶子家的同时，如何解决家内纷争并更好地统御诸庶子家，又成了一个让人困扰的课题。
另外，在糠部郡内以“户”为地域单位的这些领主们以“户”作为其独立所领，拥有自己的家臣，再加上糠部郡面积较大，这些“户”的领主们的势力甚至可与其他分国拥有一郡的在地领主比肩。这些“户”的领主们所构成的“族缘”集团称作“一家”，虽然推举三户氏为他们的“家督”，但三户氏却不能把他们直接视作家臣，只不过是领主们依靠某种契约的集结在一起的结合体。
十六世纪前期的天文年间，南部氏的有力庶家北家、东家和南家及石川高信·信直父子、九户政实等逐渐取代一户氏和久慈氏成为进攻鹿角郡和岩手郡的主力。石川高信率领麾下的岩手众屡次入侵两郡，而且高信的嫡子南部信直（即南部氏第二十六代当主，石川高信的嫡子。此时尚称田子信直）于永禄八年与南部晴政的长女结婚，因晴政当时尚无儿子，所以指认信直为三户氏的继承人，并作为南部晴政的阵代出兵鹿角郡；而九户氏也在十五世纪末期，时任当主九户光政将居城迁至九户城，并通过将女儿嫁给久慈氏的结姻方式，将其纳为从属。
在田子氏（即石川氏）和九户氏的势力上升期，一户氏、久慈氏反而日趋没落。另外，根知城主八户氏在天文年间前期的三代当主治义、义继、胜义先后去世，且因胜义无子，便从一族新田氏入继了年仅五岁的彦次郎（幼名久松，即后来的八户政荣）继承当主之位，祖父新田盛政为其后见役，但另一一族田中宗祐为了篡夺当主之位而谋反，后被镇压。天文二十一年，七户庆胤入侵八户领；永禄七年、永禄十年八月、永禄十二年，四户的栉引氏多次入侵八户领，可谓内忧外患，造成了八户氏权力的严重衰退。由于四户氏和七户氏未与三户氏结姻，且无法通过对外战争扩大势力，所以只能在糠部郡内扩张。而从作为诸“户”家督的三户氏当主南部晴政的角度来看，上述纷争只是“一家”内部因领地纷争所引起的私战，自己无法擅自处置，命某方停止交战。永禄十年八月，彦次郎的亲父新田行政殁，次月，彦次郎获赐南部晴政的偏讳，取名八户政荣，可以说是以暂时从属于三户氏为代价换来了本家的存续。
进入永禄年间，北奥的争乱进一步激化。邻国出羽的下国安藤氏当主安藤爱季图谋向糠部郡渗透，并于永禄元年开始通过其从属国众·比内郡领主浅利则祐拉拢南部氏麾下的大汤氏、大里氏等鹿角众，以及津轻平贺郡代大光寺氏和浪冈御所的浪冈北畠氏。在进行了周全的准备后，永禄九年，安藤爱季纠合浅利氏、虾夷的蛎崎氏、出羽的由利众等共计五千人马入侵鹿角郡。三户氏当主南部晴政急忙派遣岩手众及有力庶子家的北家、东家、南家等迎击但败北；次年，在双方均付出不小的代价后，鹿角郡终被安藤氏占领，史称“鹿角大乱”。但是仅仅不到两个月，南部晴政便亲率大军夺回了鹿角郡大部。而安东爱季此次唯一的收获便是夺取了进出鹿角郡的桥头堡——土深井城。